Les collectivités membres sont des conseils départementaux qui ont opté pour la compétence de contrôle des moustiques nuisants, au sens de la loi du 16 décembre 1964, relative aux moustiques : les trois Départements fondateurs, en 1959 (Hérault, Gard, Bouches-du-Rhône), et les deux Départements qui les ont rejoints lors de la création de la Mission Racine, en 1963 (Aude et Pyrénées-Orientales). S’ajoute la Région Occitanie, qui finance depuis 1975, et qui a adhéré à l’EID en 2007. Au-delà de ces collectivités, l’EID Méditerranée a développé de nombreux partenariats : avec des organismes universitaires et de recherche, ainsi qu’avec d’autre opérateurs publics français et européens.