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La direction générale de l’EID-Med, installée à Montpellier, regroupe la direction administrative, la direction technique, deux laboratoires, dont un sécurisé et cofinancé au titre du contrat état / Région Languedoc-Roussillon (CPER), la direction des moyens, le service de l’information géographique et un parc de véhicules et matériels.
220 communes constituent la zone d'action : territoires où s'exerce un contrôle des niveaux de population de moustiques nuisants issus des milieux naturels, 7 agences opérationnelles y œuvrent annuellement. 2 agences supplémentaires ont été consitutées pour agir dans le cadre de la lutte antivectorielle (Département du Var - membre de l'EID-Med - & Département des Alpes-Maritimes - conventionné avec l'EID-Med). :
De l'étang de Berre à la frontière espagnole, l'EID Méditerranée neutralise chaque année l'apparition des larves de moustiques sur plus de 90 000 hectares de zones marécageuses, 2 000 kilomètres de fossés et 40 000 gîtes larvaires urbains, avec une fréquence qui dépend des conditions climatiques et des modifications du milieu dues à l'Homme. En moyenne 45 000 hectares de zones humides sont traités annuellement sur la zone d'action, 75 % par des moyens aériens, le reste par moyens terrestres.
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